Six mois après l'invasion de la Terre par des extraterrestres, la planète est dévastée. Près de Boston, les survivants humains, tentent de survivre tant bien que mal.
Un groupe de résistants, appelés 2ème régiment du Massachusetts, s'organise pour combattre les envahisseurs. Tom Mason, se retrouve commandant de ce 2ème régiment. Cet ancien professeur d'histoire, qui a perdu sa femme lors de l'attaque, et qui s'est vu enlever son fils par les envahisseurs, va mettre ses connaissances de l'histoire de la guerre afin de résister face aux extraterrestres, et de comprendre cette invasion.
Les enfants, les plus malchanceux, se voient enlevés par les aliens. Ceux-ci leur posent un harnais bio-mécanique, qui s'implante directement dans leur colonne vertébrale. Les aliens peuvent ensuite contrôler leurs moindres gestes, leurs moindres pensées...